W przeszłości, w 1912 roku, Natolin znajdował się na terenie zaboru rosyjskiego. Wprawdzie represje po powstaniu styczniowym przyniosły ostateczna klęskę polskiego szkolnictwa w zaborze rosyjskim, jednak wydarzenia roku 1905–ego zmusiły Rosję do ustępstw. Zakładano polskie szkoły.

Mieszkańcy Natolina i Rajca-Wsi rozpoczęli starania o pozwolenie na założenie szkoły. W efekcie ich wysiłków w prywatnym domu Jana Krawczyka zamieszkałego w Rajcu , powstała 3-oddziałowa szkoła. Wskutek dalszych próśb kierowanych pod adresem władz rosyjskich, przy poparciu rządu rosyjskiego, został wybudowany i przekazany szkole lokal w miejscowości Natolin. Szkoła była przeznaczona dla mieszkańców czterech wsi: Natolin, Rajec-Wieś, Kolonia Sadków i Polesie. Budynek szkolny składał się z trzech pomieszczeń – jedno było przeznaczone na mieszkanie dla nauczyciela, zaś dwa pozostałe na sale lekcyjne. Pierwszą nauczycielką – pracująca od 1912 roku -była p. Laskowska. Wkrótce potem wybuchła I Wojna Światowa, która brutalnie przekroczyła również progi szkoły. Przechodzące wojska rosyjskie, austriackie i niemieckie dokonały zniszczeń: spalono ławki i inne sprzęty, zdewastowano budynek. Nauka została przerwana.

15 sierpnia 1915 roku powstała w Radomiu pod rządami austriackimi, Komisja Szkolna, która miała decydujący wpływ na dalsze losy naszej szkoły, w której praca została wznowiona. Szkołą kierowała wówczas p. Jadwiga Mikołajewska. I wreszcie wyczekiwany moment – rok 1918- Polska odzyskała niepodległość!! Dla szkoły w Natolinie rozpoczął się kolejny okres działalności. Przez władze polskie do pracy w naszej szkole został przydzielony p. Stanisław Czerski, a w roku 1919 dołączyła p. Wanda Domitrowa.

Szkoła na owe czasy posiadała dwa oddziały, w 1922 roku już pięć, a liczba uczniów wzrosła w tych latach do 117 –tu. Warto wspomnieć ,że w latach 1923 – 1927 w szkole natolińskiej uczył religii ksiądz Kazimierz Sykulski. Jest to szczególne wydarzenie, bowiem został on w 1999 roku beatyfikowany.

Kolejny bardzo ciężki moment w historii szkoły to 15 października 1939 rok. Wtedy to wojska niemieckie zajęły budynek dewastując go.

Tak zostaje to odnotowane w kronice: „30 IX – Ojczyzna Nasza przestała istnieć – została ziemia i my nieszczęśliwi niewolnicy. 15 IX – wojska niemieckie zajmują szkołę dewastując ją jednocześnie. Tyle buty, tyle nienawiści dla nas i za co? (…) 1940 (…) Szkoła idzie, dzieci do niej uczęszczają, mówię im ciągle „Jesteście narodem wielkim lecz nieszczęśliwym nie możecie się lękać” (…)”

Nauczanie wznowione zostało w 1940 roku, kiedy to najeźdźcy opuścili wieś. Pomimo zakazu nauka odbywała się z polskich podręczników. Do czasu, gdy w 1941 roku pojawił się nowy nauczyciel – Karol Szwechowicz- skierowany przez Niemców. Wskutek jego donosu książki zostały odebrane i zakazano korzystania z nich pod groźbą kary śmierci. W IV 1944 roku Niemcy dokonali wysiedlenia mieszkańców Natolina. Szkoła przestała istnieć.

Nauka została wznowiona 24 II 1945 rok, a pierwszymi powojennymi nauczycielami byli małżonkowie Malinowscy. W 1959 do istniejącego budynku szkolnego dobudowano dwie sale lekcyjne. Szkołą kierował wówczas p. Roman Cyper.

W 1964 roku kierownikiem mianowany został p. Stefan Grabowski. Był to znaczący moment w historii szkoły. Dzięki zaangażowaniu nowego kierownika zaszło wiele pozytywnych zmian: doprowadzono linię telefoniczną, oddano do użytku boisko szkolne (obie inwestycje w czynie społecznym), wykonany został betonowy chodnik i ogrodzenie boiska wraz z działką szkolną, a sama szkoła powiększyła się o dwie kolejne sale lekcyjne. Ponadto wymieniono dach, otynkowano budynek szkolny i wybudowano budynek gospodarczy.

W 1964 roku kierownikiem mianowany został p. Stefan Grabowski. Był to znaczący moment w historii szkoły. Dzięki zaangażowaniu nowego kierownika zaszło wiele pozytywnych zmian: doprowadzono linię telefoniczną, oddano do użytku boisko szkolne (obie inwestycje w czynie społecznym), wykonany został betonowy chodnik i ogrodzenie boiska wraz z działką szkolną, a sama szkoła powiększyła się o dwie kolejne sale lekcyjne. Ponadto wymieniono dach, otynkowano budynek szkolny i wybudowano budynek gospodarczy.

Z pożółkłych stron dawna przysięga nauczycielska:

„Przysięgam Panu Bogu Wszechmogącemu, ze na powierzonem mi stanowisku urzędowem przyczyniać się będę w swem zakresie działań ze wszystkich sił do ugruntowania wolności, niepodległości i potęgi Rzeczpospolitej Polskiej, której zawsze wiernie służyć będę, wszystkich obywateli kraju w równem mając zachowaniu, przepisów prawa strzec będę pilnie, obowiązki mego urzędu spełniać gorliwie i sumiennie, polecenia mych przełożonych wykonywać dokładnie, a tajemnicy urzędowej dochowam. Tak mi , Panie Boże dopomóż.”